Wenn man einen Timer fürs PWM Signal nutzt, kann man damit auch noch was anderes machen. Man hat aber für das PWM Signal je ein Vergleichsregister blockiert, und der Timer sollte immer frei laufen, also nicht im CTC Modus.

Man kann die 2 LEDs im Wechsel bedienen. Das umschalten wirklich synchron mit dem PWM Signal zu bekommen, damit es keine übersprechen von einer LED zu andern Bekommt geht, ist aber schon etwas komplizierter.