Den Effekt der Clock-Signale ohne vollen Spannungshub solltest Du m.E. vorrangig bearbeiten. Schwache Clocks sind verlorenen Clocks, dann geht das Busprotokoll sofort baden.
Das sieht nach gegeneinander verschobenen Bezugspotentialen zwischen MD03 und deiner Steuerung aus. Das könnte passieren, wenn versehentlich der Motorstrom über die Masseverbindung der I2C fließt.
Haben die (beiden) MD03-Module jeweils eine eigene Stromzuführung oder sind sie parallel (verdrahtungsmäßig hintereinander geschaltet oder mit stark unterschiedlichen Leitungswiderständen (Länge, Querschnitt) ? In letzteren Fällen sind unterschiedliche GND-Potentiale möglich am I2C-Bus.

Hier wäre es noch gut zu wissen, von welcher Stelle genau das Oszi GND und Signal kriegt. Macht deine Steuerung bei gekapptem Bus ein sauberes Taktsignal? Sehr wahrscheinlich schon; zur Fehlereingrenzung soltest du das sicherstellen.

Vielleicht solltest Du das MD03 auch erstmal analog ansteuern und sicherstellen, daß es für sich allein sauber läuft. Sind die internen Dioden der MOSFET wirklich als Freilaufdioden zu gebrauchen? Datenblatt geprüft? Welche MOSFETs sind verbaut? Vielleicht stören die internen Dioden nicht, reichen aber auch nicht aus. Es können ja zwei verschiedene Ursachen zum selben Fehler Busstörung führen.