Ja, das ist nicht so ganz einfach...
Im makefile gibt es bei den "bösen" Sachen am Ende einen Befehle "program".
Der muss umgeschrieben werden.
Unter Windows sieht es danach so aus:
Code:
# Program the device.
program: $(TARGET).hex
       ..\..\Library\RP6FlashWriterC\RP6FlashWriterC.exe -f $(TARGET).hex
RP6FlashWriterC ist einfach die Windows-Consolen-Version, hier musst du dann natürlich entsprechend den passenden Linux Befehl eingeben.

Danach kannst du ein Script erstellen mit dem Inhalt
Code:
make program
Das flashst dir den RP6 dann

Du kannst natürlich auch make program noch zum build-script hinzufügen, wenn du das möchtest.