Die Anforderungen an die Rechenleistung des MC sind in der Anwendung recht gering. Minimal notwendig wäre:

Mindestens ein Analogeingang (das Signal des Höhensensors wird vermutlich analog sein)
Ein paar digitale Eingänge (für Endschalter, Taster, Umschalter zwischen Betriebsmodi)
Ein paar digitale Ausgänge (Motor linksdrehend, rechtsdrehend, Anzeigeleuchten, Freischaltsignal an die Steuerung)
Eventuell, falls mit verschiedenen Geschwindigkeiten gefahren werden soll, ist ein prozessorinterner Timer zur Erzeugung eines PWM-Signals sinnvoll.
Prima wäre es, wenn ein ausreichend starker Motortreiber schon auf dem Board drauf wäre.

Viele 8 bit RISC Prozessoren von Atmel kämen z.B. in Frage (32 bit ist offensichtlich überdimensioniert). Hier gibt es eine Auswahltabelle: http://www.atmel.com/dyn/products/pa...&Direction=ASC
Ein konkretes Board kann ich jetzt aber nicht empfehlen. Beim Prozessor ist auch wichtig, ob Du in einer Hochsprache programmieren willst und ob die als freeware verfügbar ist und natürlich Unterstützung durch Tutorials und Community.
Es gibt natürlich auch andere als Atmel (z.B. die PICs von Microchip), da hört mein persönlicher Horizont aber auf.