Hallo Tobias,

ein Update funktioniert am einfachsten, wenn Du den Programmer mit dem AVR Studio 4 betreibst. Dann meldet sich das Programm und in wenigen Sekunden ist alles erledigt.
Noch ein Tipp zu dem xmega. Schau mal dort rein:
http://bascom-forum.de/index.php/topic,4053.0.html
Erste Schritte mit ATxmega bzw. XMEGA am Beispiel ATxmega128A1

Gruß magnetix48