Für einen neuen Kontroller brauchst du einen Programmer, z.B, den hier:
http://wiki.ullihome.de/index.php/Ha...te#USB_AVR-Lab
Es gibt aber jede Menge anderer Programmer.
Als Programmiertool würde ich dir das AVR-Studio empfehlen, hier gibt es keine Probleme mit makefile.
http://www.mikrocontroller.net/articles/AVR-Studio