Hallo,
oft hilft auch ein sternförmiges Massekonzept. Durch die Stromaufnahme der Motoren fällt auf der Zuleitung eine Spannung ab, dadurch wird das Massepotenzial der Arduinos gegenüber der Masse vom PC verschoben. Möglicherweise werden dann die Signalpegel Low/High nicht mehr eingehalten...?
Also möglichst die Masseleitung von jedem Verbraucher direkt zur Quelle legen und ausreichende Kabelquerschnitte verwenden.
Du kannst auch mal die Motoren laufen lassen und mit einem Messgerät die Spannung zwischen dem GND-Anschluss des Netzteils/der Akkus und dem GND-Anschluss des Motortreibers messen. Dann siehst du welche Spannung allein auf dem Kabel abfällt und ob bzw. wie stark sich die Potenziale verschieben.
Grüße, Bernhard