Hallo,
ich würde an deiner Stelle die +5V vom PC und von deinem Mikrocontroller lieber NICHT miteinander verbinden, es kann sein, dass die 5V-Versorgung vom USB eine etwas andere Spannung als hinter deinem LowDrop-Regler hat --> würde zu Ausgleichsströmen führen oder das Regelungsverhalten beeinflussen
Masse als gemeinsames Bezugspotenzial musst du natürlich - wie du es schon geschrieben hast - unbedingt verbinden, damit die Datenübertragung klappt.
Grüße,
Bernhard
EDIT:
Wenn du die 5V-Leitungen über einen Widerstand verbindest und dafür sorgst, dass aus den 5V vom USB nicht mehr als 100mA gezogen werden, kann der USB einen Teil der Stromversorgung vom Mikrocontrollerboard übernehmen. -> vielleicht längere Akkulaufzeit, weil während der Programmübertragung etwas Strom vom USB bezogen werden kann, Akku muss währenddessen weniger Strom liefern
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