Es gibt ein JTAG interface mit dem FT2232C. Allerdings ist das Interface da wohl nicht das des JATG-ICE.

Man hat im Prinzi 2 Möglichkeiten den Code zu übertragen:
1) mit einem eventuell schon auf dem µC vorhandenem Bootloader über die RS232. Das sollte ggf. in der Anleitung zu m Board stehen, incl. der BEschreibung wie man die Daten hinschickt - wenn man Pech hat nur als Windows Porgramm.

2) Über das JATG interface und AVRDUDE. Es gab da wohl zumindest mal Unterstützung für den FT2232.