Kann es sein, dass du gar keine Verbindung zum µC bekommst? Selbst wenn kein µC in der Fassung ist, kann man Fuses schreiben und lesen, nur werden dann eben entweder nur 0xFF oder 0x00 ankommen. Du kannst das einfach überprüfen: Wenn die Signatur deines AVRs 0xFFFFFF oder 0x000000 ist (evtl. waren es 4 Bytes, da bin ich mir nicht sicher gerade), dann bekommst du keine Verbindung, ist die Signatur irgend eine andere Zahl, dann liegt das Problem an einer anderen Stelle.

Die Tatsache, dass die ISP-Frequenz auf geringste Stufe gesetzt wird, ist ein weiteres Indiz dafür, dass du keine Verbindung bekommst.