Aus 2 aneinander geklebten Platinen eine "doppelseitige" zu machen halte ich nicht für die beste Idee mit tht-Bauteilen. IMHO sind die Pins dafür zu kurz.
Wenn du mit Drahtbrücken zufrieden bist, stell im Autorouter (AR) den Top layer auf N/A und mach die verbliebenen Verbindungen mit Draht.
Wenns auf dem Top layer aber doch ein Haufen Leiterbahnen sind, dann muss das layout so erfolgen, das alles von unten gelötet werden kann.
Wenn IC-Sockel verwendet werden, dann sogenannte Präzisionssockel. Die kann man auch auf der Bestückungsseite von der Seite löten, wenn man die Leiterbahnen ein wenig über den Sockel hinausschauen lässt. Die Sockel dürfen dann natürlich nicht dicht an dicht stehen.
Mit dem AR kannst du das zwar machen lassen, mußt aber fast alles nachbearbeiten und sehr sorgfältig vorgehen.