Es gibt zum einen die komplett in Java implementierte JavaDB, wenn du eine "richtige" Datenbank einsetzen möchtest lege ich dir PostgreSQL nahe.

Aber Achtung: Das Primärziel einer Datenbank ist nicht möglichst wenig Platz auf der Festplatte zu belegen sondern eine möglichst hohe Geschwindigkeit und Datensicherheit.

mfG
Markus