Naja da sagt jeder was anderes. Ich geh mal davon aus, dass du Windows benutzt.

Bascom ist praktisch für den Anfang. Den da gibt es intuitivere vordefinierte Befehle die dir vieles abnehmen. Da wirst du wahrscheinlich schnell Erfolge erziehlen.
Wenn du wirklich verstehen möchtest, wie eine Rechenmaschine funktioniert, dann wäre Assembler das richtige. Bei großen Programmen ist es aber für mich persönlich zu unübersichtlich.
Deswegen tendiere ich zu avr-gcc, also c/c++ für MC. Man arbeitet hier auch sehr nahe an der Hardware, sodass man sich auch hintergrundwissen aneignet, dass man wohl nicht direkt durch Bascom bekommen würde. Außerdem kann man es besser optimieren, was bei aufwändigeren Projekten, die an die Grenzen deines MC gehen sich auszeichnet.

Bei Bascom brauchst du keine Makefiles.
Bei WinAVR werden zwar Makefiles benötigt, jedoch gibt es wie schon geschrieben ein Programm MkFile, was das ganze für dich erledigt. Durch Drop-Down wird für dich alles ausgewählt! Du musst also keine Zeile in der Makefile selber schreiben. Daran sollte es wirklich nicht liegen.

Wenn man mit dem AVR Studio programimiert, dann wird einem das glaub ich eh erspart.

Es ist halt die Frage, ob du schon in C/C++ Programmieren kannst. Wenn nicht wirds gleich nochmal schwerer. Dann würde ich dir raten, dass du erstmal mit Bascom arbeitest und wenn du Zeit hast, mal ein bisschen mit C rumprobierst. Andernfalls kannst du vielleicht schon deswegen frustriert sein, weil dein Programm nicht richtig compiliert wird.