Die Negative -3 V kann durch eine Diode gegen GND auf ~ -0.6 V "gekappt" werden, das sollte ein AVR Eingang ab können. Die + 3V erkennt ein AVR schon als H- Pegel.

Das Signal dann auf einen Zähler Eingang und Du hast die Frequenz und kannst per Programm entscheiden was damit gemacht werden soll.

Gruß Richard