Äh, ich sehe gerade, dass Du im Unterforum "Assembler" gepostet hast.
Wenn Du das ganze in Assembler schreiben willst, kannst Du mit der Application Note natürlich nicht viel anfangen - denn die ist für C geschrieben. Das würde auch die Fehlermeldungen erklären.

Ist es für Deine Diplomarbeit vorgegeben, in Assembler zu programmieren? Wenn nicht, würde ich Dir eher zum GCC-Compiler (WinAVR) raten, den man auch problemlos ins AVR-Studio einbinden kann.

Ansonsten wird's ne Menge Arbeit, das in Assembler umzusetzen (und dann kann ich Dir auch nicht mehr weiterhelfen, denn meine Assembler-Kenntnisse sind eher oberflächlich...)

Gruß,
askazo