Das der µC nur teilweise läuft ist durch einen Hardwarefehler nur schwer zu erreichen. Der Teilweise Ausfall könnte auf das LCD beschränkt sein.
Meine Vermutung ist, das der Controller neu Bootet, das Display, das ja schon initialisiert war, sich nicht mehr vernüftig neu initialisiert.

Mit der Folge, das eigentlich alles soweit läuft, nur das Display nicht mehr richtig funktioniert.

Ich würd in das Gehäuse zu Testzwecken einen Akku als Stromversorgung einbauen und dann gucken was dann passiert.