Du sagst oben, dass das Programm weiterspinnt, auch wenn du den Stecker wieder ansteckst ? Erst wenn du neu programmierst, is wieder alles ok ?
strange.
An sich kann der Code nur verändert werden, wenn der µC irgendwie in den Programmiermodus kommt. schwer vorstellbar. aber wenn, ist alles drin.
Ich würde, wenn geht,
1) µC mal tauschen
2) bei offline-betrieb ALLE programmier-stecker Pins (ausser Reset natürlich) mal auf GND legen.

Wenn du absteckst, ist dann auch gleichzeitig eine andere Stromversorgung da ? Dass die vielleicht flattert ?