Ja du musst das Register jedesmal neu setzen, weil das nach jedem Durchgang resetet wird.
Egal welcher OC-Ausgang ist relativ. Wenn da steht OC1A dann sagt das OC aus das es ein PWM-Ausgang ist, die 1 sagt dir das der Ausgang des Compare-Registers zu Timer 1 gehört und das A sagt dir aus das es Ausgang A vom Compare-Register des Timer 1 ist. Es gibt beim Mega32 auch OC1B das ist dasselbe nur das das Ausgang B ist.
Dafür steht auch das Compare1a. Das Compare sagt dem Compiler das das Compare-Register beschrieben wird, die 1 sagt ihm von welchem Timer und das A sagt ihm das es Ausgang A ist. Wenn da steht OC0 ist es der PWM-Ausgang von Timer 0. Du kannst ja Timer1 für die Hardwaretimer nehmen, also A und B und Timer0 für die Lichtschranke.