Klar kannst du das STK500 auch nur zum flashen nehmen. Wenn du keine Lust hast auf deine andere Platine einen ISP Anschluss zu bauen.
Und die fertigen ISP Programmer kann man kaufen. Fangen bei glaub ich 17€ an und die von Atmel kosten 45€, können dafür aber glaub ich auch bisl mehr.
Wenn du aber weiterhin über RS232 programmieren willst braucht dein Controller einen Bootloader. Und wenn du an deine Platine eh eine RS232 Schnittstelle ranbaust brauchste das STK500 auch nicht mehr zum Proggen.