Die Fotodiode (oder Fototranssstor) einfach nur von GND zu m µC Eingang könnte gehen. Man ist dann aber auf den internen Pullup Widerstand angewiesen, und da hat nur einen Wert. Ein externer Widerstand ist da flexibler. Dann auch besser den Widerstand nach GND und die Fotodiode nach VCC.

Ob man eine Fotodide oder oder einen Fototransistor hat, kann man einfach nachmessen. Wenn es nicht zu hell ist, verhält sich die Fotodiode fast wie eine normale Dioden - sie leitet also in eine Richtung.
Ein Fototransistor läßt dagegen in beide Richtungen nur einen eher kleinen Leckstrom durch wenn es dunkel ist, und etwas mehr Strom wenn es hell ist.