Ja PDI und PDO sind damit gemeint. Und wieso die das so machen kann ich dir nicht sagen aber ich vermute mal das das mit der Kompatibilität zum Mega103 zusammenhängt (du kannst einen Mega64 und Mega128 durch setzen eines Fuse-Bits zu einem Mega103 "machen").
Und ja die UART funktioniert mit den selben Pins wie der ISP, was aber nicht schlimm ist ich hab einen Mega128 und da hängt an E1 und E0 ein ISP Programmer und zusätzlich ein FT232 USB Driver und die Kommunikation zwischen PC und Controller klappt ohne Probleme.