Zwar kenne ich die AVRs nicht, aber typischerweise kann man so vorgehen:
Wenn die Analogeingänge des Controllers nicht geclamped sind, dann je eine Schottkydiode vom ADC-Eingang in Richtung AVcc bzw. Vcc. Da die Meßspannungen über einen Serienwiderstand an den Controller kommen, sind die möglichen Ableitströme hier auf Daumenwert 0,5 bzw. 2 mA begrenzt.
Einzige Voraussetzung: Der fremd-eingespeiste Strom muß irgendwo hin fließen, also z.B. in der Schaltung verbraucht werden. Andernfalls baut sich doch eine Überspannung auf.