Normalerweise sollte der µC nicht sondernlich warm werden. Mehr als etwa 20 mA bei 5 V, also 100 mW sollte es nicht sein.

Wenn der µC wärmer wird, könnte es daran liegen das ein oder 2 Ausgänge viel Strom (über 30 mA) liefern müssen und dabei warm werden. Es könnte aus sein, dass die Versorgungsspannung zu hoch ist (Regler defekt, oder schwingt ?). Schließlich kann es auch passieren das ein µC selber defekt ist.

Als erstes sollte man die Schaltung auf Kurzschlüsse kontrollieren und mal die Spannung nachmessen.