Nun, Bootloader kannste im Prinzip schon auf den kleinen 8-Bittern AVR machen, ich vermute aber Du möchtest eher in die Richtung ARM7 Kern und höher gehen, da ist dergleichen Standard und auch gängig.
Anbieten würde sich da die LPC21xx Reihe oder die AT91SAMxxx und natürlich auch Andere.
Aber ... einfach zu handhaben sind die Dinger nicht, allerdings auch nicht unmöglich ... kommt halt drauf an was Du an Kohle für die Toolchain locker machen willst.

Bei der Entscheidung sollte auch die Community mit in die Überlegungen einbezogen werden, bzw. gibt es ein Forum?

http://www.at91.com/