Schau mal nach einer Halbbrücke oder Vollbrücke. Kannste fertig als L293D (bis ca. 1A) oder als L298 bis 4A kaufen.
Die 6V mußt Du aus der Vorsorgungsspannung (normal 12V) klauen und mit der PWM vom AVR runterregeln. Also 50% Abtastung für 6V