Damit der mit dem Interface was anfangen kann muss (soweit ich weis) der Bootloader auf dem Atmega32 drauf sein. Der "Programmspeicher löschen"-Button im RP6Loader löscht nur das Programm das du im Programmers notepad geschrieben hast, der Bootloader bleibt da.
Aber man kann den RP6 auch über ISP programmieren (ohne Bootloader)

MfG
-schumi-