So besonders gut sieht dsa signal nicht aus. Der schon erwähne kleine Peak zwischen dem 2ten und 3. großen, könnte da so ein Problem sein.
Mit einigem Aufwand ließen solche Aussetzer aber in Software noch Korrigieren. Erkennen wird man nur die Großen Peaks nach unten.

Die Eingänge beim AVR haben schon Schmidt-trigger Charakter, das sollte als schon so gehen. Höchstens noch ein kleiner Kondensator, um die allerhöchsten Frequenzen herauszufiltern.

Ab man den Interrupt auf steigend oder fallen setzt ist ziehmlich egal. Man wrid jeden der Peaks mitbekommen. Auf beide Flanken zu reagieren wird nichts bringen, so gut sieht das Signal nicht aus, das man auch mit der Pulslänge was anfangen kann.