waitkey und Dinge, welche viel Rechenzeit benötigen sind in einer ISR schlecht aufgehoben. Bei waitkey würde die isr ständig neu aufgerufen werden. Du kannst den Interrupt zwar zwischenzeitlich deaktivieren und zwischenzeitlich aufgetretene IRQ löschen, aber gemacht habe ich es so noch nie. In einer ISR nur eine Variable (Flag) setzen und dieses in der Hauptschleife abfragen ist für mich in jedem Fall die sauberere Weise.