Sobald ich aber eine Taste auf der Fernbedienung drücke, wird mein Programm resettet.
Ich hab mir deinen Code nicht wirklich genau angeschaut, aber konkret fallen mir auf die schnelle 2 mögliche Fehler ein:

Sobald du auf die Ferbedienung drückst wird...

... die while (true) { blabla; } -Endlos-Schleife verlassen. Wenn ich mich richtig erinnere kann das zu unvorhergesehenen Reaktionen des RP6 führen

... Dein dazugebasteltes Modul angesteuert und die Ketten bewegt. Wenn dann die Betriebsspannung aufgrund des evtl. sehr hohen Stromverbrauches des Modules fällt weil der Spannungsregler nicht so schnell reagieren kann oder die Akkus schon so leer sind. Sobald der Reset eintritt wird beides wieder ausgeschaltet und die Spannungs ist wieder da.
Musste auf dieses Problem bin ich auch gestoßen, als der RC-Empfänger aus einem alten Spielzeugauto am RP6 ein Signal gekriegt hat und darauf auch geschaltet hat --> plötzlicher Spannungsabfall
Ein Widerstand in der Spannungsversorgung hat das Problem behoben. Falls hoher Stromverbrauch nur sehr kurzweilig ist müsste es ein Kondensator auch tun.

MFG
-schumi-