Wenn ich richtig gerechnet habe, wird Deine ISR alle 20ms aufgerufen, was einer Frequenz von 50Hz entspricht. ( (65536 - 25536) * 62,5ns * 8 = 20ms)

Du machst übrigens ziemlich viele Funktionsaufrufe in der ISR. Ich weiß nicht, wieviel Takte so ein itoa oder ffwrites benötigt, aber da könnte schon einiges zusammenkommen. Du solltest auf jeden Fall mal prüfen, ob Du die ISR überhaupt schnell genug abarbeiten kannst.