Wenn die Elkos richtig gepolt sind, reicht das schon aus. Nur ist die Frage was "richtig gepolt" bedeutet... Die Motoren können ja sicherlich in beide Richtungen drehen, oder? =)
Bei meinem Auto gab es nur einen Vorwärtsgang =).
Kannst die Elkos ja vor die H-Brücke hängen, dann gibts dieses Problem nicht.

Das Problem ist bei dir ja, dass es sich durch einen Akkuschrauber reproduzieren lässt... was bedeutet, dass es was mit elektromagnetischer Strahlung zutun hat und nicht durch die Spannungsstöße verursacht wird, die durch das ansteuern der Motoren zustande kommen. Deswegen wird dir ein großer Kondensator dort wohl auch nicht viel bringen...

Mir fällt da auch nicht viel mehr ein, als ein paar mehr Kondensatoren am Funkmodul, mehr Alufolie (natürlich nicht um die Antenne!), und möglichst oft neu initiaisieren.

Gibt es eine Bestimmte Schwelle, ab der das Funkmodul anfängt auszusetzen? Ein bestimmte Geschwindigkeit? Oder Setzt es sofort aus, wenn die Motoren anfangen zu laufen?
Versuch vielleicht die Antenne in eine andere Richtung zu verlegen, womöglicht hilft das ein wenig.
Ansonsten könntest du versuchen, das Modul so anzubringen, dass es möglichst großen Abstand zu den Motoren hat.
A propos.... Ab welchem Abstand zu den Motoren fängt das Modul an auszusetzen? Lässt dich dieser Abstand mit mehr Alufolie verkürzen? Lässt er sich mit Kondensatoren verkürzen? (nicht vergessen: oft neu initialisieren) =)

Mit welchem Controller wird der RP5 denn gesteuert? Wahrscheinlich auch mit einem AVR, oder? Da gibt es sicherlich eine Library, die du benutzt... dort kannst du auch die PWM-Frequenz umstellen. Oder du änderst nichts in der Library, und stellst das nötige Register manuell um (einfach den Prescaler etwas größer machen). Das wird höchstwahrscheinlich keine Auswirkungen auf das übrige Programm haben.
Einfach nach der Initialisierung des Roboters das nötige Register zwischenspeichern, nötige Bits ändern und dann das Register mit dem neuen Wert beschreiben.
Kann aber auch sein, dass das nicht geht...hatte mit einem RP5 noch nie was zutun.

Gruß, Yaro