Bei den größeren Megas gibt es noch die Möglichkeit über JATG zu programmieren. Bei den neuen kleinen (z.B. Mega8 gibt es mit ähnlichen Funktionen das Debug-Wire Interface.

Der Bootloader kann über eine beliebige Schnittstelle laufen, die man in der Bootloader Software festlegt. Da ist man am Felxiblesten, aber man kann die Fuses nicht verändern und den Bootloader muß man auch erstmal auf den µC bekommen.