Hallo Jaecko,
Du hast den Nagel auf den Kopf getroffen. In der Hilfe von PonyProg steht unter 2.6.2 Callibration:
A special note for AVR devices. The AVR need a valid system clock to be programmed via SPI and the max frequency of the SPI bus depends on this system clock. So if you changed the fuse (even accidentally) to use low clocks like 1MHz or 32.768KHz you must change the SPIBusSpeed=VERYSLOW or ULTRASLOW to access the AVR anymore. If you have to use such low clocks I suggest to program the flash and eeprom first, and at last program the security and fuse bits.
Beim ATMega8 habe ich die Fuse Bit Kombination für "External Low-frequency Crystal" gefunden, die dafür infrage kommt. Beim AT90S2313 gibt es diese Bit Kombination leider nicht.
Ein möglicher Ausweg ist, dass ich zum Programmieren den 4MHz Oszillator verwende, anschließend den 32768Hz Oszillator für den Betrieb. Das habe ich gerade ausgetestet und funktioniert.
So betrachte ich die notwendige Hilfe erst mal als abgeschlossen und ich bin wieder am Zug.

Vielen Dank für Deine Hilfe und Deine große Kenntnis.
WBoy