Also muss ich die Headerdatei ( als C Datei ? ) abspeichern und dann in Location den Pfad dort hin führen.
Nein, du speicherst alle Dateien, die zu deinem Projekt gehören in dem entsprechenden Projektverzeichniss, das du im AVR Studio angegeben hast ab. In diesem Beispiel wäre das: D:\D_pro-fils\compu+MC\C2\

Nehemn wir mal an, du hast eine Headerdatei lcd.h. Die legst du in das entsprechende Verzeichniss und bindest sie mit #include "lcd.h" ein. Da eine Header-Datei nur Funktionsdefinitionen und solche Sachen enthalten sollte und der eigentliche Quelltext zu den Funktionen in einer gleichnamigen Datei mit der Endung .c steht (in diesem Fall lcd.c), muss man die dazugehörige .c Datei in das entsprechende Projekt zu de Source-Dateien hinzufügen (Bei AVR STudio muss man dazu auf den links bei den Projektdateien liegenden Ordner "Source" mit der rechten Maustaste klicken, den EIntrag Projektdateien hinzufügen (oder so ähnlich) auswählen und die .c Datei hinzufügen (sie sollte auch im Projektverzeichniss liegen.

Wenn du mit AVR Studio ein Projekt erstellst, wird automatisch eine .c Datei, die den Projektnamen trägt erstellt, sie ist von vorneherein in das Projekt eingebunden, in ihr sollte sich die main() Funktion befinden.

Die headerdateien, die du mit #include <...> (z.B. #include <avr/io.h> einbindest befinden sich in einem Unterverzeichniss, das sich in dem Verzeichniss befindet, in dem du den Compiler installiert hast (der Compiler findet diese Dateien automatisch).

mfg