for_ro: Selbst wenn man die Register-Pusherei von Bascom mal vernachlässigt, kann es da kein Problem geben.
Der Pin-Change wird ja auf Basis der Eingangslogik erkannt, die den Wert im PINxn ausgibt - Ergo kann es da keine Mehrdeutigkeiten geben.

@William:
Woher soll der AVR das denn können/wissen was du mit dem konkreten Pegel machst?
Der AVR springt einfach nur in die ISR, wenn die von dir konfigurierte Bedingung (Signalwechsel), erkannt wird - was du daraus machst, ist dir überlassen. Insbesondere steht dir der Wert der den Interrupt ausgelöst hat, nicht zur Verfügung, der wird nicht zwischengespeichert.
Wenn du den Status der Eingangsregister abfragst, entspricht das dem aktuellen Wert - immer. Unter Umständen verpasst du so bei einer hinreichend langsamen Reaktion die komplette High/Low-Phase des Signals und liest den gleichen Wert ein, der zuvor am Eingang herrschte.

mfG
Markus