Da bin ich auch reingetappt:
DDRA &= ~acs_36kHz; // muss angepasst werden!!!

Es sollte eigentlich so aussehen:
//PORTC &= ~acs_36kHz;

...und sollte dazu dienen, die IR-LEDs auf einen definierten Startzustand zu bringen. Es wird nun durch die Änderung in der ISR ersetzt und kann gelöscht werden.