Mittlerweile bin ich nun soweit zu wissen, dass es nicht funktioniert, die Bibliotheken in meine standart C IDE zu importieren
Und die wäre?! Das AVR Studio ist ganz gut, aber es programmieren auch viele mit dem Visual Studio ihre AVRs.

Zu deinem ersten Problem, benutz das AVR Studio, dann hast du die ganzen Probleme nicht!

Zu deinem zweiten Problem, wie hast du ihn denn Angeschlossen?? Wenn ich lese das du den Controller an den seriellen Anschluss des PCs angeschlossen hast wäre mir schon klar warum es nicht funktioniert...