Der NE564 hat so weit ich weiss eine Einschränkung beim Frequenzbereich. Ohne umschalten oder extra Tricks kann man kaum mehr als 1:2 duch die Spannung variieren. Schnell genug wäre er. Der 4046 ist eigentlich nicht so schlecht.

Im Idealfall stimmt es, dass die Stabilität der Referenz erhalten bleibt. Allerdings kommt daszu ggf. eine leichte FM Modulation mit der Referenzfrequenz. Mit dem Phasen-comperator 2 geht das aber relativ gut, besser als z.B. der Ne564.

Der Loop Filter sollte für den Anfang nicht zu langsam sein, sonst kann es passieren dass Frequenzabweichungen durch eingekoppelte Störungen nicht mehr ganz ausgeglichen werden. Für die Dimensionierung des Loopfilters gibt es eine ganze Menge an Appl. Notes usw. Der Filter so wie im Plan ist schon OK, wenn die Widerstände / Kondensatoren stimmen. Filter höherer Ordnung machen es recht schwer die Schleife stabil zu kriegen. Ich würde bei dem passiven Filter bleiben. Wenn die Frequenzstabilität nicht ausreicht, dann erst mal gut abschirmen und am layout arbeiten, und als letzen Alternative einen 2 ten PLL dahinter.