Den µC braucht man nicht kühlen. Die Leistung ist da fats unabhängig davon was er macht. Die Verlustleistung wird an den MOSFETs und ein wenig an den Widerständen zum Strommessen freigesetzt.
Die MOSFETs sollte man kühlen. Ggf würde es sich auch lohnen die Spannung per Buck Wandler soweit zu reduzieren, dass nur etwa 0,5 V den FETs abfallen. Dann könnte man eventuell auf Kühlkörper für die FETs verzichten.