Wenn Du analoge Spannungen per µC miteinander vergleichen willst, geht das nur über den ADC. Und dieser braucht zwangsläufig immer eine Referenzspannung, damit er weiß, wie er die Spannung auflösen soll.
Allerdings haben die ATMegas ja praktischerweise eine interne Referenzspannungsquelle, von daher kannst Du die ADCs problemlos nutzen.

Du hast auch die Möglichkeit, je zwei ADC-Eingänge als Differenzeingang zu benutzen, so dass Du direkt die Spannungsdifferenz der beiden LDRs geliefert bekommst.

Wie Du die LDRs anschließt, kommt darauf an, welche Spannung an den LDRs anliegt und welche Referenzspannung Du gewählt hast. Evtl. musst Du dann noch einen Spannungsteiler zwischen LDR und ADC schalten.

Gruß,
askazo