ehmm, so eine Ferndiagnos ist echt schwer.
- Hast Du auch den Mode von JTAG auf ISP umgestellt?
- Hast Du STK500 ausgewählt?

Ansonsten nehme ich an, daß beim Auslesen der Targetspannung (Spg. in der Schaltung) nichts passiert. Die Steckerbelegung vom ISP findest Du im Wiki. Miss bitte mal ob bei eingeschalteter Spannung, diese auch am Programmer anliegt.
Bei meinem JTAG MK II geht sofort eine grüne LED an, sobald ich meine zu programmierende Schaltung einschalte.