Zu erstens, warum nimmst du nicht einfach einen Transistor, die reichen dazu vollkommen aus.
Und den Vorwiderstand für die LED brauchst du auch weil die sonst sehr schnell ableben wird. Du solltest auch einen Widerstand zwischen Basis und Controller port schalten.
Zu zweitens, du kannst auch anstelle der Infrarot LEDs ganz normale LEDs (wie ich das gemacht hab) verwenden oder sogar ein Glühbirnchen.
Eventuell brauchst du einen Spannungsteiler damit du gut auswertbare Werte von den Fototransistoren bekommst. (wie du gesagt hast könntest du einen Poti dazu verwenden). Von der Logik her sieht das so aus, dass du mit dem AD Wandler die beiden Spannungen die du von den Fototransitoren digitalisierst, vergleichst und dann eben entsprechend im programm drauf reagierst
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