Einfach dann per USB anstecken und losgehts. Leider ist das aber wiegesagt nicht sehr schnell. Über den Parallelport geht es rascher.
Schnell ist relativ. Ich habe bei mir noch nie die Zeit gestoppt. Finde aber das das Programmieren mit dem MCS Bootloader recht flott geht.
Ich programmiere nach dem Motto erst flashen, dann denken - sprich so ungefähr nach jeder kleinen Änderung im Programm lade ich das Programm auf den Controller um die Änderung über Print Ausgaben über die serielle Schnittstelle auszuprobieren.
D.h. das serielle Kabel muss ich eh angeschlossen haben und das Flashen kam mir noch nie langsam vor.

Was du aber wohl beachten musst ist, dass du den Controller jedesmal resetten mußt um ein Programm hochzuladen.
D.h. der Reset-Pin sollte schon gut erreichbar sein, sonst macht es über Bootloader nicht so viel Spass.