Sollte jeweils mit STK500 programmiert werden, denn dann kann ich anschließend selber modifizieren.
Ist das STK500 nicht eher ein Programmieradapter als eine Programmiersprache?
Wenn du das Programm später selber modifiziere willst, brauchst due den Quelltext, möglichst in einer Programmiersprache für die du einen Compiler hast und die du möglichst ein wenig verstehst.

Womit das Programm dann auf den ATTiny geladen wird sollte doch eigentlich egal sein, oder nicht?