Du solltest unbedingt alle GNDs bzw. alle VCCs miteinander verbinden. Die GNDs werden normalerweise direkt unter dem Chip verbunden. Es stimmt, dass die Anschlüsse im Extremfall zu schwach sind. Es reicht ein einziger 100nF zur Entstörung aus. Ich habe schon ein paar Schaltungen mit dem ATmega16 TFPQ44 gebaut; die funktionieren so einwandfrei. Bei den Tests auf dem Breadboard hatte ich einen auf einen DIL40 Sockel gelötet. Der wollte erst funktionieren, als alle Pins gleich wie bei der DIL40 Version angelötet waren. (GNDs und VCCs zusammen)