Genau - richtig. Schau mal im USB AVR Lab Tool nach. Wenn Du das auf Programmieren des STK500 gestellt hast, gibt es eine recht ausführliche Anleitung (im unteren Fenster). Dort steht unter Anderem wie die Anzeigeelemente zu interpretieren sind.

Und hier steht:

Anzeigeelemente
Den Bootmodus erkennt man daran, dass die Duo-LED orange leuchtet. Die Firmwares sollten alle beim Start für 1 Sekunde die rote LED anschalten. Die blaue LED signalisiert die Verbindung zum PC und flackert bei Datentransfers. Alle anderen LED Zustände sind für die einzelnen Firmwares verschieden und auf den einzelnen Seiten der Firmwares beschrieben.