Sofort umsteigen auf AVR.
Damit ist ihm aber nicht geholfen.

Matthias,
prinzipiell kannst Du die C-Control übers Terminal nicht kaputt machen. Du kannst auch keinen Boot-Loader kaputt machen. Die C-Control hat eine Art Betriebssystem mit einem Token-Interpreter. Das Betriebssystem kann nur mit einer "speziellen Programmierhardware" überschrieben werden. Also nicht über die serielle Schnittstelle.

Ich glaube eher, dass irgendetwas mit dem P/E-Board/ Verbindung zum PC/ Schnittstelle in Windows etc. nicht stimmt.
Zur Not kannst Du wirklich Deinen Lehrer fragen, was Du machen sollst, wenn die Micro auf einmal nicht mehr funktioniert. Eine neue ist schnell bestellt und kostet der Schule auch nicht die Welt....