Der Zählerstand des Timers ist im Register TCNT1

So wie ich das aus dem Datenblatt lese zählt der Timer von 0 bis 256 und dann zurück.
Also wird nach 256 Taktzyklen das PWM Signal einmal gewechselt. Ein vollständiges Signal ist also nach 2x 256 Taktzyklen komplett.

Frequenz = FClock / (Prescaler) / 256 / 2 = 31250Hz

Die PWM wird Hardwaremäßig generiert und ist unabhängig von sonstigen aktivitäten des Prozessors.
Mann kann sogar die Interrupts des Timer1 nutzen ohne die PWM zu stören.

Falls Du eine exakte Zeit von 3s brauchst kannst Du dir die auch mit einem anderen Timer bauen oder nimmst den TOV1 Interrupt und zählst 3*31250 Hz ab.