Hi Jaecko,

in der Hilfe vom AVRStudio "HTML Help" steht unter Simulator Overview u.a.
... When AVR Studio is launched, the simulator will reset all program memories, SRAM and EEprom to 0xFF. IO locations are set to 0x00...
und noch anderes dazu. Vielleicht findest Du dort ne Hilfestellung? Ist Dein ins "EEPROM" geladener File einer vom Typ *.hex oder *.eep ?

Aber wirklich helfen kann ich wohl nicht; damit hatte ich vor Monaten nur ein bisschen gespielt und nix wirklich Sinnvolles getestet.