Phasenstrom bei Schrittmotoren messen.

[AVR-Frickler]

Hallo, ich hoffe ich habe das richtige unterforum erwischt.

Wie der Titel schon sagt geht es um Schrittmotoren und messen des Phasenstroms.
Ich habe mir die Schaltung aus dem Projekt 'RN-Schrittmotor' mit ein paar Änderungen nachgebaut.

Die Software habe ich bereits soweit das die Motoren per Microstep angesteuert werden.Mein aktuelles Problem ist, das ich im Moment nicht weiß wie ich die Phasenströme richtig messn soll.
Die Anstereung erfolgt mittels PWM an den Enable-Eingängen des L298. Die PWM-Werte folgen einer Sinus-Kurve mit insgesamt 64 Schritten (Ja ich weiß etwas viel :P). Die PWM-Frequenz liegt bei 20kHz.
Die Strommessung wird mit den ADC des Atmega64 über einen 0,56Ohm Widerstand und interner 2,56V Referenz gemacht.

Ich habe mal ein paar Bilder mit einem Ozilloskop gemacht.
Channel1 ist die Spannung über den Shunt. Channel2 ist der Zeitpunkt wo ich momentan den Strom messe.

Bild1: 100% PWM, 64 Microschritte, Sinus-Frequenz 156,25Hz, 625 Microschritte pro Sekunde.
Amplitude Channel1 (max): 600mV => 0,6V / 0,56Ohm = 1,071A
Amperemeter im Spulenstrang: 618mA
Stromaufnahme Netzteil: 418mA, davon 110mA Schaltung.
Messung µC: 406mA

Bild2: 80% PWM, 64 Microschritte, Sinus-Frequenz 156,25Hz, 625 Microschritte pro Sekunde.
Amplitude Channel1 (max): 138mV => 0,138V / 0,56Ohm = 0,246A
Amperemeter im Spulenstrang: 387mA
Stromaufnahme Netzteil: 178mA, davon 110mA Schaltung.
Messung µC: 71mA

Man sieht die Messwerte der verschiedenen Geräte sind alle ziemlich unterschiedlich, ausserdem kann man erkennen dass der Messzeitpunkt bei 80% PWM nicht mehr passt.
Wie kann ich nun am besten den Phasenstrom ermitteln?

MfG
AVR-Frickler